Adaptados en su mayoría en medios acuáticos, en el suelo húmedo aunque algunos son endoparásitos y otros ectoparásitos, muchos protozoos son de vida libre, pero otros son simbiontes obligados de los animales incluyendo al hombre. La adaptación a su hospedador condiciona importantes modificaciones morfológicas y del tipo de nutrición de los diversos protozoos en relación a sus homólogos de vida libre. Algunos requieren necesariamente varios hospedadores para completar su ciclo vital pudiendo presentar en cada uno de ellos una morfología, metabolismo y tipo de reproducción diferentes.
Poseen la estructura de las células eucariotas, carecen de pared celular, aunque algunos protozoos de vida libre forman un oxoesqueleto, y los de vida parasitaria cuando se transmiten a través del medio libre, se rodean transitoriamente de una cubierta quística de resistencia que pueden resistir condiciones extremas como la desecación y les permiten vivir por muchos años
Se reproducen por división binaria (la célula se divide en dos). Los protozoos se han clasificado basándose fundamentalmente en su morfología y en particular en los órganos de locomoción. Los parásitos de hombre pertenecen a los siguientes grupos: amebas, ciliados, flagelados, apicomplexa y microsporidios.
Desde el punto de vista intracelular poseen un citoplasma limitado por una membrana celular que interviene en el transporte de nutrientes Y en la osmoregulación, dada la ausencia de pared rígida osmoprotectora. En el citoplasma puede observarse el núcleo celular propio de las células eucariotas, así como túbulos, filamentos. Retículo endoplasmático, aparato de Golgi, ribosomas, mitocondrias y material de reserva nutritivo formado por proteínas. Así mismo poseen cilios o flagelos, como órganos de locomoción. Algunas células protozoarias poseen una estructura global de gran complejidad que se les asemeja realmente a pequeños animales.
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